要确保实验室净化工程的有效性，需要在实验室建设阶段和日常运营中采取一系列措施。首先，建设阶段应遵循相关的国家标准和技术规范，确保设计、施工和验收符合要求。其次，选择合适的净化设备和材料，如高效过滤器、风淋室、洁净工作台等，确保实验室空气质量达到要求。

在日常运营中，可以通过以下方式确保实验室净化工程的有效性：

定期检查和维护净化设备，如定期更换过滤器、清洁风淋室，保证其正常运行；

严格执行实验室净化管理制度，控制实验室内人员和物品的进出，防止污染源的产生；

建立健全的实验室清洁消毒制度，定期进行实验室清洁和消毒，保持实验室环境整洁；

定期对实验室内空气、水质等环境因素进行监测和评估，及时发现问题并采取措施解决；

培训实验室工作人员，提高其对净化工程的重要性和操作规范的认识，养成良好的操作习惯。

通过以上措施，可以有效确保实验室净化工程的有效性，保障实验室环境的洁净度和安全性，为科研实验提供良好的条件和保障。